一、通過分子碰撞原理，即通過消毒劑分子碰到病原微生物殺滅病原微生物。 
這類消毒劑的配比濃度越高，消毒劑分子就越多；溫度越高，消毒劑分子運動越快；環境中有機物越少；消毒劑分子碰到病原微生物機會就越多，消毒效果越好。具體使用時，須注意配比濃度(酒精則以75%最好)、環境溫度和環境中有機物濃度。 
    (一)通過分子碰撞原理，使病原體蛋白質變性、發生沉淀的消毒劑： 
    這類消毒劑的作用特點是殺菌、殺病毒無選擇性，可損害一切生命物質，屬于原漿毒，消毒過程中可破壞宿主組織，會引起畜禽應激，會污染環境，破壞設備。此類消毒劑僅可用于空室、環境消毒。如酚類、醛類、強酸強堿類等。 
    1.酚類消毒劑： 
    石炭酸、來蘇兒、煤酚、苯酚、復合酚等具有臭藥水味的一類消毒劑：這類消毒劑商品名最多，其中苯酚對芽胞、病毒無效，復合酚含41%～49%的酚和22%～26%的醋酸，是其中消毒效果最好的，此類消毒劑因其具有特別的藥臭味，又具原漿毒，吸入皮膚有致癌性，常用于消毒池和排泄物的消毒。具體消毒時須先把環境沖洗的干干凈凈，濃度要達到0.5%～1%以上，溫度不能低于8℃，消毒效果才好。禁止在堿性環境或同堿性溶液及其它消毒液混合使用。 
   2.醇類消毒劑： 
   用75%酒精，一般用于消毒注射部位。 
   3.醛類消毒劑： 
甲醛(福爾馬林)、戊二醛，甲醛是最好的熏蒸消毒劑，熏蒸消毒必須有較高的室溫(高于18℃)，相對濕度為70%左右才有效，低于15℃甲醛很容易聚合成聚甲醛而失去消毒功效，甲醛氣體消毒穿透力較差，應把物體特別是墊料盡量散開，福爾馬林長期貯存或水份蒸發后會變成白色多聚甲醛沉淀，從而失去消毒效果，需加熱至100℃才可又變成甲醛，甲醛有致癌性。戊二醛常用其2%溶液，消毒效果好，不受有機物影響，若用0.3%碳酸氫鈉作緩沖劑，效果更好。但戊二醛價格貴，穩定性差。 
二、通過分子碰撞原理接觸病源體，干擾病原體的重要酶系統，影響菌體代謝的消毒劑。 
    主要有氧化劑和鹵素類消毒劑。此類消毒劑是通過氧化還原反應損害細菌酶的活性基因或因化學結構與代謝物相似，競爭或非競爭性地同酶結合，抑制酶的活性，引起菌體死亡。高濃度時具一定毒性，可用于空室消毒。 
    1.氧化劑類消毒劑： 
    過氧乙酸、高錳酸鉀，過氧乙酸又名過醋酸，有強烈的醋酸味，性質不穩定，易揮發。最好用市售20%濃度、在半年內生產的?，F用現制現配，對霉菌和芽胞均有效，對組織有強烈的刺激性及腐蝕性，一般用量0.1%～0.5%。高錳酸鉀常與甲醛溶液混合用作熏蒸消毒。過氧乙酸、高錳酸鉀在酸性環境中作用力強，不要在堿性環境中使用。 
    2.鹵素類消毒劑： 
    (1)氯化合物：漂白酚(次氯酸鈉溶液、漂粉精)、氯胺、二氯異氰尿酸鈉、三氯異氰尿酸鈉等有氯臭(漂白粉味)的一類消毒劑：新出廠的氯化合物消毒力特別強，但性質不穩定，作用力不持久，見光易分解，必須現配現用。因氯遇水以后，可生成鹽酸和次氯酸，所以氯化合物在酸性環境中消毒力較強，在堿性環境下作用力減弱，對金屬有一定的腐蝕作用，對組織有一定的刺激性。應用最廣泛，商品名稱最多的氯化合物是二氯異氰尿酸鈉，一般用其0.5%～1%溶液殺滅細菌和病毒，用5%～10%溶液殺滅芽胞。冬季用量是夏季的3倍～5倍，作用時間是夏季的5倍～8倍。 
    (2)碘與碘化合物：碘酊、碘甘油、復方絡合碘、碘伏等。碘為灰黑色，極難溶于水，且具有揮發性。碘有較強的瞬間消毒作用，在酸性環境中殺菌力較強，在堿性環境及有機物存在時，其殺菌作用減弱。碘化合物的產品濃度比較低，一般只有1%～3%，也有只有0.1%左右的，在現場具體使用時要特別注意消毒液的配比濃度和清除有機物。 
三、通過正負電子碰撞原理，即消毒劑所帶正電荷能主動吸引和吸附表面具有負電荷的物體，如細菌、病毒蛋白質、墻壁、玻璃、設備、和器具內外表面。 
    正負電子相吸引，使消毒劑分子與細菌、病毒蛋白質接觸，產生殺滅作用。如目前廣泛使用的季胺鹽類陽離子表面活性劑。此類消毒劑能增加病原體細胞膜的通透性，降低病原體的表面張力，引起重要的酶和營養物質漏失，使病原微生物的呼吸及糖酵解過程受阻，菌體蛋白變性，水向菌體內滲入，使菌體破裂或溶解而使病原體死亡，呈現殺菌殺病毒作用。         
    陽離子表面活性劑抗菌抗病毒譜廣，作用快，低濃度不但能殺滅革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌，還對病毒、霉菌、真菌有效。陽離子表面活性劑因其分子結構不同又可分為單鏈季胺鹽類消毒劑和雙鏈季胺鹽類消毒劑，雙鏈季胺鹽的消毒效果一般是單鏈季胺鹽的幾倍。雙鏈季胺鹽化合物中又因分子結構中碳鏈的數量和長度不同，消毒效果各不相同。所帶碳鏈多界面活性大而產生極強的吸引力，主動吸引細菌并致其質變死亡。雙鏈季胺鹽陽離子表面活性劑又因分子結構中所含鹵族類元素不同，消毒效果也不相同，含氯離子的消毒效果較差，以含溴離子的消毒效果最好，最具陽離子表面活性劑的消毒功能。    
消毒原理： 
①含氯消毒劑 
A.形成的次氯酸作用于菌體蛋白質 
HOCl+R-NH-R′→R-NCl-R′+H2O  
B.次氯酸分解形成新生態氧，二氧化氯的強氧化能力，將菌體蛋白質氧化。 
HOCl→ HCl+[O] 
C.消毒劑中含的有效成分直接作用于菌體蛋白質 
Cl2+R—NH—R′→R—NCl—R′+HCl 
本類消毒劑的作用多與有效氯含量成正比,因此,使用劑量一般按藥物的有效氯含量計算。目前我國常用的含氯消毒劑有:漂白粉、三合二、次氯酸鈉、二氧化氯、二氯異氰尿酸鈉、二氯二甲基海因、三氯 異氰尿酸與溴氯海因等。 
②過氧化物類 
過氧乙酸殺滅微生物首先是依靠其強大的氧化能力.通過氧化作用使酶失去活性,導致微生物死亡。此外,過氧乙酸亦具有酸的特性,可通過改變細胞內的而損傷微生物。因此,過氧乙酸殺菌作用遠較一般的酸與過氧化物為強。 
③醛類 
醛類消毒劑對微生物作用主要依靠醛基,其作用于菌體蛋白(包括酶)的醛基、羥基、羧基、氨基,使烷基化,引起蛋白質變性、凝固,造成微生物死亡。 
④雜環類氣體消毒劑環氧乙烷等,是通過對微生物蛋白質分子的烷基化作用,干擾酶的正常代謝而使微生物死亡。大多作為氣體消毒劑使用。 
⑤醇類消毒劑 
常用的醇類消毒劑有乙醇異丙醇。醇類消毒劑殺滅微生物依靠三種作用:破壞蛋白質的肽鍵,使之變性;侵入菌體細胞,解脫蛋白質表面的水膜,使之失去活性,引起微生物新陳代謝障礙;溶菌作用。 
⑥酚類消毒劑 
常用的酚類消毒劑有甲酚皂溶液、滴露消毒藥水。其殺菌作用的機理有:高濃度下可裂解并穿透細胞壁,與菌體蛋白結合,引起蛋白變性;低濃度下,或較高分子的酚類衍生物可使細胞的主要酶系統(氧化酶脫氫酶催化酶等)失去活性,干擾了物質代謝;減低溶液表面張力,酚類消毒劑積聚在菌體細胞上,增加細胞壁的滲透性,使菌體內含物溢出,改變了細胞蛋白的膠狀,致細菌死亡;酚類易溶于細胞類脂體中,因而能積存在細胞中,其羧基與蛋白質的氨基起反應,破壞細胞的功能。表面活性大的酚類消毒劑減低溶液張力作用較大,殺菌能力亦較強。衍生物中的某些羥基與鹵素,有助于降低表面張力,并且鹵素還可促進衍生物電離以增加溶液的酸性,因此,鹵素與羥基在對位上的化合物比鄰位上的化合物殺菌能力強。 
⑦季銨鹽類消毒劑 
    本類消毒劑殺菌原理主要有:改變細胞的滲透性,使菌體破裂;使蛋白質變性;抑制細菌體內某些酶(如脫氫酶氧化酶以及分解葡萄糖琥珀酸鹽丙酮酸鹽的酶),以致使之失去活性;因其有良好的表面活性,可高濃度聚集于菌體表面,影響細菌的新陳代謝。對酶的抑制,有的是可恢復的,由此可解釋其抑菌作用。隨著藥物濃度增加或作用時間延長,這種可恢復性逐漸減弱,以致不可恢復。 
⑧雙胍類化合物,其作用機理有:吸附于細菌表面,破壞細胞膜,造成胞漿組分滲漏;抑制脫氫酶的活性;高濃度時可凝聚胞漿組分。